Existem três Sistemas de Esgotamento Sanitário: Sistema de Disposição Oceânica Vertente Marítima ( EPC - ETO ), Sistemas Isolados e o Sistema Integrado do Distrito Industrial SIDI (Maracanaú).
O principal sistema de Esgotamento Sanitário de Fortaleza, conta com uma ESTAÇÃO DE PRÉ-CONDICIONAMENTO DE ESGOTO - EPC, nas proximidades do Instituto Médico Legal.